本发明公开了一种爱格氏菌、S‑雌马酚产生工程菌及其构建方法和应用，涉及微生物技术领域。爱格氏菌HAU‑JLC44，保藏号为CGMCC No.12354。S‑雌马酚产生工程菌的构建方法为：从爱格氏菌HAU‑JLC44中克隆参与雌马酚合成的三个转化酶基因：E‑dgr、E‑dhdr和E‑thdr；将E‑dhdr、E‑thdr和这两个基因中间的145 bp非编码区序列按一个基因克隆下来，称为E‑tdhdr；将E‑dgr和E‑tdhdr克隆至pETDuet‑1上，在BL21(DE3)中表达，获得工程菌。本发明使用共表达三个基因的大肠杆菌工程菌将底物黄豆苷原或黄豆素转化为S‑雌马酚，转化性能稳定，方法简单。